В годы заката Республики Йода был уважаемым старшим членом Совета Джедаев. Служа вместе с такими яркими фигурами, как Мейс Винду и Ки-Ади Мунди, Йода присутствовал во время бурных событий, которые в результате привели к краху многовековой Республику и решили судьбу Ордена Джедаев.

Йода выполнял важную задачу в Совете Джедаев. Когда юные Падаваны начинали обучаться джедайской науке, они делали это под руководством Йоды. Многие из величайших Джедаев Республики обучались у Йоды, когда были детьми, объединившись в группы, называемые "кланами". Когда кандидаты в Джедаи подрастали, приближаясь к подростковому возрату, им находили пару из страшего Рыцаря или Мастера Джедая, чтобы продолжить обучение один-на-один.

Занавес темной стороны окутал Республику в ее последние годы, и Йода все больше беспокоился. Появление темной стороны создало такое сильное волнение в Силе, что затмило проницательность Джедаев в важных вопросах. Чувствуя мрачную неопределенность будущего, Йода признавал необходимость в ответах. Орден Джедаев отправил Оби-Вана Кеноби расследовать попытку покушения, явно произведенную силами Сепаратистов. То, что он обнаружил, вызвало еще большую тревогу.

Целая армия клонов была создана для Республики в тайне, по приказу покойного Джедая Сайфо-Диаса. Никто в Совете не знал об этом событии, и предвидеть его они тоже не смогли.